ここでいうレイアウトというのは、デザイン的な話ではなくて、具体的なWebページの表示上でのhugoの取扱い方になります。 hugoは、まず簡単に、ホームぺージ（これはそのサイトでの一番最初ののTopページのこと）レイアウト、リストページレイアウト、シングルページレイアウトという名前でWebの表示方法を管理しています。
別名インデックスページまたはホームぺ―ジ世呼ばれており、Webサイトの最初のページになるものです。indexテンプレートが実際に表示される内容で、実体はlayoutフォルダにおいたindex.htmlというファイルになります。
したがって、layoutフォルダにindex.htmlを作成し（hugo nwe siteで自動的に作成されているはず？）これを編集するとサイトのトップページとして 表示されるはずです。
私の場合は、themesフォルダのlayoutフォルダにこのindex.htmlを配置しております。thmesフォルダではないlayoutフォルダは、themesフォルダのレイアウトをオーバライドするときに使用する用です。